大学院関係の講義メモ
昔、ＰＣクラスタを立ち上げ量子計算を走らせていたことがあります（そのときのページはこちら）。大学院生にレポートとして量子計算を課し、一度、計算を実行させることで、将来そのような機会・必要性が生まれたときに少しでもバリアを下げようと考えました。最近は、フロントエンドも充実し、Windows版なども有償・無償のソフトウェアで数多く勢揃いしているのですが、いざ、教員側がプログラムを指定することを考え始めると、悩んでしまいました。WindowsやMacintoshでは、パスを通さないといけないし、研究で使用しているパソコンに少しでも悪影響を与えるのは、いかがかとも考え、結局、ＬｉｎｕｘベースのＬｉｖｅＣＤをオリジナルで作成し、そのＣＤからＯＳを立ち上げ、計算させることにしました。
無償の化学計算プログラムとしてGAMESSを選別し、GAMESSでは、VigyaanCDというLiveCDバージョンもリリースされているのですが、うまく動かなかったので、Puppy Linuxというディストリビューションで一からオリジナルＬｉｖｅＣＤを作成しました。
バージョン情報
- Puppy Precise 5.7.1JP
- GamessQ 1.2 (Gamessのジョブを投入するのにGUIが使用できる)
- wxMacMolPlt 7.5 (計算結果の可視化・インプットファイルも作成可)
- wxGTK 2.8.12 (wxMacMolPltの動作には必要)
個人的には、Puppyというリナックスが秀逸です。Gamess、GamessQ、MacMolPltなどをインストールするために、まず、Puppyに開発環境（Ｃコンパイラなど）を加え、各種プログラムをソースコードからインストールし、実行を確認した後、その環境を保存する（ＣＤを焼く）とＬｉｖｅＣＤが出来上がります。Gamess用のインプット例などのテキストファイルも同時にＬｉｖｅＣＤ内に作成できるので、レポート課題として配布するには最適なものが完成しました。
各自このＬｉｖｅＣＤで計算に慣れて、Linuxをインストールしたり、Windows版でも少しでも計算が速そうなGamess Fireflyを導入したり、経験を積んで貰えればと思います。
