月別アーカイブ: 2016年5月

ヨーロッパ研修旅行

ホームページを使って宣伝します。日本大学文理学部では、グローバルな人材育成を目指し、学生が海外で見聞を広める機会を応援しようと、毎年、ヨーロッパ研修旅行を企画しています。保護者の方が安心して、ご子女を海外に送り出せるよう、添乗員が付く単純な海外旅行だけではなく、教職員も同行する研修旅行となっています。

教職員も・・・事務職員だけでなく、教員も同行します。・・・・

 

勘の良い方なら予想できると思うかもしれませんが、今年の夏の第32回ヨーロッパ研修旅行は、教員として、私、十代(じゅうだい)が引率することとなりました。夏休み期間に15日間も研究室を不在にするのは心苦しいのですが、学生にとって海外は憧れや不安の入り混じる地だと思いますので、教員サイドからのサポートが行えるよう微力ながら尽くしたいと思っております。昨日5月25日に募集説明会が行われたのですが、写真がありませんので、大学ホームページでの旅行パンフレットへのリンクを張りました。また、この研修旅行用に別のブログを立ち上げていますので、ご参考にして貰えればと思います。

申し込み日時:6月1日(水)・2日(木)午前9時 学生課

大学ホームページでの旅行パンフレット

日本大学文理学部・ヨーロッパ研修旅行のブログ

 

本配属お祝い(新歓)

4月27日(水)
4月に入り、4年生に進級した学生は、研究室に正式に配属になります(本配属)。その進級をお祝いして、食事会を開きました。また、4月から十代研に助手として着任した古川博士の歓迎会も兼ねています。
普段の講義の中で、さんざん、お酒好きだと話しているのですが、お酒を全く飲めない、もしくは、ほとんど飲めない学生が研究室に徐々に増えてきました。そこで、お酒の飲めない学生も楽しめるようにと、イタリアン系のファミレスで食事会(飲み会)を開催しました。

酒飲みの私としては、気を使ったつもりでした。ただ、ファミレスを後に2次会で本格的に飲もうと普通の居酒屋に向かったですが、お酒を飲めない学生を含め、ほとんどが2次会まで参加していました。(だったら、最初から居酒屋でも良かったのに・・・)

Linux + Gamess

春休みにしていた作業なのだが、忘れないうちに記録しておこうと思っていたが、すでにゴールデンウィークである。マニアックな内容であるため、ごく一部の研究者向けの情報であるが、基本、研究者は忙しくネット上に情報を残す余裕が少ない人が多く、科学の進展のために備忘録として書き連ねておく。

とある量子化学計算を行いたくなり、計算用のマシーンにLinuxとGamessをインストールした。最初は、BLASルーチンをATLASやOpenBLASを導入したが、インテルのMKLが無償で使用できるようにライセンスが変更されており、そちらに変えた。

まず、Linuxのインストール。最もメジャーなLinuxディストリビューションの1つであるUbuntuを選択した。ちなみにバージョンは14.04LTS、こちらをDVDに焼いて使用。ただ、インストール直後にセキュリティーアップデートをして問題が発生した。当然、インストールされているCコンパイラであるgccのバージョンも最新になるのだが、最新バージョンでは、フォートランコンパイラgfortranとの連携ができておらず、gccのバージョンを下げる必要に迫られた。細かなテクニックがあるのだろうが、Ubuntuを再度、クリーンインストールした直後に、
$ sudo apt-get install gfortram
と入力し、フォートランをインストールしてから、アップデートを行い解決。
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get upgrade

続いて、インテルのMKLのインストール。インテルのホームページで登録を行い、レジストレーションキーを入手する。l_mkl_11.3.150.tgzをダウンロードして、/opt/intel/ に展開してインストールした。途中で入手したレジストレーションキー入力することとなる。

ここまで、準備をして、ようやく量子化学計算を行うためのプログラムGAMESSをインストールできる。無償で使用できるソフトだが、登録は必要であり、ホームページで必要事項を記入して送信すると、ダウンロード用のパスワードとURLがメールで送られてくる。今回は、ソースファイルをコンパイルすることから行った。ダウンロードしたソースファイルを/opt/gamessに展開してから
$ cd /opt/gamess
$ ./config
~~~~  please enter your target machine name: linux64
~~~~  GAMESS directory? [/opt/gamess]
~~~~  Please enter your choice of FORTRAN: gfortran
~~~~  Enter your choice of ‘mkl’ or ‘atlas’ or ‘acml’ or ‘none’: mkl
~~~~  MKL version (or ‘skip’)? skip
~~~~  communication library (‘sockets’ or ‘mpi’)? sockets
~~~~  Do you want to try LIBCCHEM?  (yes/no): no
configファイルを実行すると対話的にインストールの構成を決めることができる。詳しい内容はインストール用のドキュメント/machines/readme.unixを参照してください。ここからは、
$ cd ddi
$ ./compddi >& compddi.log &
$ mv ddikick.x ..

$ cd ..
$ ./compall >& compall.log &

ここまではマニュアル通りだったのだが、リンクの工程でエラーが出たので、lkedファイルを修正する必要があった。
~~~~ # —- Linux on 64 bit chips —–
~~~~ (中略)
~~~~ set MATHLIBS=”$MATHLIBS -ldl -Wl, –end-group”
オプション-ldlを追加した。

$ ./lked gamess 01 >& lked.log &

これで問題なくインストールできたが、32Gメモリーを積んでいるマシンの性能を引き出すためにメモリの設定ファイル/etc/sysctl.confに下記の数字を追加して再起動
kernel.shmmax = 25769803776
kernel.shmall = 6291456
どちらもメモリー32Gすべてを使用するという設定ではなく、そのうち24Gバイトでの値。

実際にgamessを実行する際のバッチファイルrungmsも修正。下記にポイントだけ。
set TARGET=sockets
set SCR=/scr/$USER
set USERSCR=/home/$USER/scr
set GMSPATH=/opt/gamess
(中略)
if (null$VERNO == null) set VERNO=01
if (null$NCPUS == null) set NCPUS=4
(中略)
if ($NCPUS == 1) then
set NNODES=1
set HOSTLIST=(`hostname`)
endif
#
if ($NCPUS > 1) then
switch (`hostname`)
(中略)
default:
set NNODES=1
set HOSTLIST=(`hostname`:cpus=$NCPUS)
endsw
endif

4CoreのCPUのマシンで並列計算できるようにした設定です。